Soweit ich weiß, gibt es leider keine genaue Beschreibung oder auch nur Anhaltspunkte bzgl. der genauen Entstehung/Erschaffung der Hobbits bzw. wann ihre "Abspaltung" von den Menschen erfolgte. Denn ja, sie sind eine "Unterart" der Menschen bzw. einfach mit ihnen verwandt. Ihre grobe Geschichte, die mit fortschreitender Zeit besser belegt ist, startet im Grunde erst im dritten Zeitalter, aber das ist auch alles im entsprechende Ardapedia-Artikel aufgeführt und muss hier nicht ausgeführt werden.
Da ich mich nicht ausschließlich auf mein Gedächtnis verlassen wollte, habe ich das Mittelerde Lexikon von Foster frequentiert, und dieser schreibt unter anderem: "Obwohl im Ersten Zeitalter erschaffen, waren Hobbits weitgehend unauffällig [...]." (Foster, Robert: Das Grosse Mittelerde Lexikon. Ein alphabetisierter Führer zur Fantasywelt von J.R.R. Tolkien, 3. Auflage, Köln 2010, S. 366)
Eine Erschaffung im ersten Zeitalter liegt irgendwo nahe, doch bin ich mir nicht ganz sicher, woher diese Aussage genau stammt. Foster führt neben den Appendizes des Herrn der Ringe auch "The Adventures of Tom Bombadil" S. 23 bis 27. an. Dieses Buch habe ich leider nicht hier und kann dementsprechend nicht überprüfen, was an dieser Stelle steht, das eventuell den Erschaffungsprozess geringfügig aufklären könnte. Vielleicht mag da jemand anderes weiterhelfen.
Eine exakte Herkunftsklärung wird sich daraus allerdings vermutlich leider nicht ergeben.
Nichtsdestotrotz eine gute Frage!